1、引发交通事故，影响道路交通和航空安全。焚烧秸秆形成的烟雾，造成空气能见度下降，可见范围降低，直接影响民航、铁路、高速公路的正常运营，容易引发交通事故，影响人身安全。
2、引发火灾。秸秆焚烧，极易引燃周围的易燃物，导致“火烧连营”，一旦引发麦田大火，往往很难控制，造成经济损失。尤其是在山林附近，后果更是不堪设想。
3、破坏土壤结构，造成农田质量下降。秸秆焚烧也入地三分，地表中的微生物被烧死，腐殖质、有机质被矿化，田间焚烧秸秆破坏了这套生物系统的平衡，改变了土壤的物理性状，加重了土壤板结，破坏了地力，加剧了干旱，农作物的生长因而受到影响。
4.产生大量有毒有害物质，威胁人与其他生物体的健康。
秸秆利用：
1，用于生物降解材料。将秸秆将超细粉碎后在反应釜中与添加剂一起进行一系列的化学反应，使得秸秆中的纤维具有热塑性。
这种材料可以应用于薄膜、片材和注塑级的产品制造，这类产品可替代石油基产品（塑料），并具有完全生物可降解性（180天后失重率达到90%），是一种健康环保材料。
2，过腹还田。过腹还田是将秸秆通过青贮、微贮、氨化、热喷等技术处理，可有效改变秸秆的组织结构，使秸秆成为易于家畜消化、口感性好的优质饲料。
3，用作工业原料。农作物秸秆可用作造纸的原料，还可以用作压制纤维木材，能弥补木材资源的不足，减少木材的砍伐量，提高森林覆盖率，使生态环境向良性发展
